国民经济和社会发展"十三五"规划纲要提出，要以提高环境质量为核心，以解决生态环境领域突出问题为重点，加大生态环境保护力度，提高资源利用效率，为人民提供更多优质生态产品。在自然资源保护中，审计工作不可缺位。
以水资源处理为例，如果要建立一家污水处理厂，需要由国土部门、规划部门确定选址，由当地政府或者融资平台作为业主负责主体工程，污水管网由市政部门负责建设，验收和监测则涉及环保部门，可谓环环相扣，统筹协调难度大。任何一个环节出问题，都会造成污水处理厂进度缓慢或者建成后低负荷运转。这一现象在几乎所有自然资源保护中都具有典型意义。这需要审计督促相关政策和管理体制进一步完善，促进多部门协调合作，保障资金依法依规使用，进一步减少资金浪费和闲置。
另外，在经济下行压力下，一方面不少企业面临着"要生存还是要环保"的抉择，另一方面公众对环境质量需求的日益增加，与环境相关的突发事件很容易引发社会关注。在新问题、新情况下，我国资源环境审计面临较大挑战。比如，审计的内容更加细致化、专业化，审计覆盖面也在逐渐扩大。因此，一方面需要审计机关采取更为有效的措施，以更专业化的手段进行项目审计，监督资源环保政策法规的贯彻执行情况；另一方面需要重点关注相关资金的分配、使用和管理情况，查找是否存在预算安排不完整与不细化、资金分配不科学与随意性大、资金滞拨与闲置、套取骗取、挤占挪用等情况。
要彻底改善严峻的环境污染等问题，还需要在生态保护和经济发展之间尽快找到平衡点。要积极改变旧理念、适应新常态，通过发展绿色经济培育新增长点，转变经济发展方式，改善人民生活质量。环境审计作为国家治理，特别是环境治理的一个重要组成部分，在这个过程中独立、客观地承担着监督和评价的职能，也将为推进生态文明建设与绿色发展发挥着不可替代的作用。